Fire kopier av 16S rRNA genet ble identifisert i hvert av 8 komplett sekvenserte genomer og 1 kopi hos 11 ufullstendig sekvenserte genomer. Fylogenomisk sammenligning basert på felles proteiner og helgenom nukleotidsekvenser viste at det blant stammene var 2 nærstående grupper: ATCC 33277T, 381, HG66, og W83, W50 og A7436. Minst 1037 kjerne-/felles-proteiner ble identifisert i de 19 stammene.
Komparativ funksjonell genomikk basert på “genome-wide” sammenligning mellom NCBI og RAST annoteringer (hefter biologisk informasjon til gensekvenser) og andre teknikker indikerte funksjoner som var unike eller manglet i enkelte P. gingivalis-stammer. Enkelte funksjoner var artsspesifikke når de ble sammenlignet med de hos den nærstående arten, Porphyromonas asscacharolytica (Fig. 1A og 1B), som er typeart for slekten Porphyromonas.
P. gingivalis ble også sammenlignet med 5 andre nærstående arter, herunder medlemmer av det røde kompleks (Tannerella forsythia og Treponema denticola), samt Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Bacteroides fragilis og B. uniformis.
Fig 1. A og B. viser genomisk DNA-likhet hos 19 P. gingivalis-genomer sammenlignet ved oligonukleotidfrekvens. Fig. 1A ble etablert ved først å beregne gjennomsnittlig antall genomer for alle 20 mer-fragmenter påvist i hvert 500-nukleotidvindu gjennom hele genomet. Hvert vindu ble farget basert på genfrekvens (minimum 1i gul og maksimum 20 i sort farge).
Fig.1 B er lik Fig. 1A bortsett fra at de ikke-kodende regioner ble maskert med lyse-blått for å fremheve oligonukleotidfrekvenser for de områder som svarer til øvre («forward strand») og nedre («reverse strand») proteinkodende gensekvenser. P. asaccharolytica DSM 20707 ble benyttet som «outlier».
Resultatene kan leses i artikkelen In silico Comparison of 19 Porphyromonas gingivalis Strains in Genomics, Phylogenetics, Phylogenomics and Functional Genomics. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2017
Forfattere: Tsute Chen, Huma Siddiqui og Ingar Olsen.